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所謂營業登記事止營業人(包括公司組織、獨資合夥小規模營業人等)在開始營業前向國稅局辦理登記，讓國稅局知道營業人的負責人、地址、經營業務等，這是讓國稅局準備開始稽徵營業稅、營所稅等業務。

所謂商業登記是指獨資合夥營業人在準備設立前，依商業登記法規定向所在地縣市政府主管機關登記，一樣是要申報負責人、登記設立地址、資本額以及營業項目等。

商業登記有點像小孩一出生必須先向戶政事務所報戶口一般、營業登記則有點像要登記學校，兩者性質有點不一樣，這樣說，商業登記著眼於商業營業項目是否合法？營業場所是否符合建物登記使用用途等，所以應召站是不可能獲得准許商業登記的，也不可能以違章建築及農舍登記營業場所等，但營業登記則是以有無營業事實為考量，正規而言，是必須完成公司登記或商業登記後才能辦理營業登記，但在一些特殊情況下，是有所謂"設籍登記"的方式來讓無法辦理商業登記等的營業人能申請設立稅籍，就像有些違章建築等，雖然沒有權狀，但稅捐機關還是會課徵房屋稅等，但不代表違章建物部分合法等。

商業登記與營業登記都可以核邊統編，但如果在商業登記時已獲得統編時，在營業登記時就不會再核發了，所以任何一個行號或公司等都只會有一個統編。